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Mensualiser une série hebdomadaire

Pour le devoir de série temporelles, les données fournies par Google trend sont hebdomadaires, ce qui peut rendre la modélisation compliquée. Comme on l’a évoqué en cours, il peut être plus simple de travailler sur des données mensuelles. La petite fonction suivante permet de transformer les données pour avoir des données mensuelles (avec des moyennes par mois, ce qui fait qu’un mois de 28 jours et un mois de 31 jours sont comparables). Histoire d’illustrer, prenons un mot au hasard, disons…. épilation. On commence par sauver le fichier csv, et on le lit sous R,

EPILATION=read.table("/home/charpentier/report-epilation.csv", skip=4,header=TRUE,sep=",",nrows=426)

La petite fonction suivant va nous aider à convertir la base en une série temporelle mensuelle,

H2M=function(BASE){ 
X=BASE[,2] 
date1=substr(as.character(BASE$Semaine),1,10) 
date2=substr(as.character(BASE$Semaine),14,23) 
D1=as.Date(date1,"%Y-%m-%d") 
D2=as.Date(date2,"%Y-%m-%d") 
vm=vy=N=NA 
for(t in 1:length(D1)){ 
mois=seq(D1[t],D2[t],length=7) 
vm=c(vm,as.POSIXlt(mois)$mon+1) 
vy=c(vy,as.POSIXlt(mois)$year+1900) 
N=c(N,rep(X[t],7))} N=N[-1]; 
vm=vm[-1]; 
vy=vy[-1] 
YM=vy*100+vm 
Z=tapply(N,as.factor(YM),mean) 
Zts=ts(Z,start=c(2004,1),frequency=12) 
return(Zts)}

Si on travaille sur la série hebdomadaire, on a la série suivante

hebdo=ts(EPILATION$épilation,start=2004, frequency=52)

La fonction d’autocorrélation est alors

acf(hebdo,160)

Maintenant, on peut travailler sur les données mensuelles. On utilise alors

mensuel=H2M(EPILATION)

Le graphique est alors le suivant

La fonction d’autocorrélation est cette fois la suivante

acf(mensuel,40)

On retrouve le comportement cyclique, avec une saisonnalité annuelle.

Modélisation et prévision, cas d’école

Quelques lignes de code que l’on reprendra au prochain cours, avec une transformation en log, et une tendance linéaire. Considérons la recherche du mot clé headphones, au Canada, la base est en ligne sur l’ancien blog, à l’adresse freakonometrics.blog.free.fr/…

> report=read.table(
+ "report-headphones.csv",
+ skip=4,header=TRUE,sep=",",nrows=464)
> source("http://freakonometrics.blog.free.fr/public/code/H2M.R")
> headphones=H2M(report,lang="FR",type="ts")
> plot(headphones)

Mais le modèle linéaire ne devrait pas convenir, car la série explose,

> n=length(headphones)
> X1=seq(12,n,by=12)
> Y1=headphones[X1]
> points(time(headphones)[X1],Y1,pch=19,col="red")
> X2=seq(6,n,by=12)
> Y2=headphones[X2]
> points(time(headphones)[X2],Y2,pch=19,col="blue")

Il est alors naturel de prendre le logarithme de la série,

> plot(headphones,log="y")

C’est cette série que l’on va modéliser (mais c’est bien entendu la première série, au final, qu’il faudra prévoir). On commence par ôter la tendance (ici linéaire)

> X=as.numeric(headphones)
> Y=log(X)
> n=length(Y)
> T=1:n
> B=data.frame(Y,T)
> reg=lm(Y~T,data=B)
> plot(T,Y,type="l")
> lines(T,predict(reg),col="purple",lwd=2)

On travaille alors sur la série résiduelle.

> Z=Y-predict(reg)
> acf(Z,lag=36,lwd=6)
> pacf(Z,lag=36,lwd=6)

On peut tenter de différencier de manière saisonnière,

> DZ=diff(Z,12)
> acf(DZ,lag=36,lwd=6)
> pacf(DZ,lag=36,lwd=6)

On ajuste alors un processus ARIMA, sur la série différenciée,

> mod=arima(DZ,order=c(1,0,0),
+ seasonal=list(order=c(1,0,0),period=12))
> mod

Coefficients:
ar1     sar1  intercept
0.7937  -0.3696     0.0032
s.e.  0.0626   0.1072     0.0245

sigma^2 estimated as 0.0046:  log likelihood = 119.47

Mais comme c’est la série de base qui nous intéresse, on utilise une écriture SARIMA,

> mod=arima(Z,order=c(1,0,0),
+ seasonal=list(order=c(1,1,0),period=12))

On fait alors la prévision de cette série.

> modpred=predict(mod,24)
> Zm=modpred$pred
> Zse=modpred$se

On utilise aussi le prolongement de la tendance linéaire,

> tendance=predict(reg,newdata=data.frame(T=n+(1:24)))

Pour revenir enfin à notre série initiale, on utilise les propriétés de la loi lognormales, et plus particulièrement la forme de la moyenne, pour prédire la valeur de la série,

> Ym=exp(Zm+tendance+Zse^2/2)

Graphiquement, on a

> plot(1:n,X,xlim=c(1,n+24),type="l",ylim=c(10,90))
> lines(n+(1:24),Ym,lwd=2,col="blue")

Pour les intervalles de confiance, on peut utiliser les quantiles de la loi lognormale,

> Ysup975=qlnorm(.975,meanlog=Zm+tendance,sdlog=Zse)
> Yinf025=qlnorm(.025,meanlog=Zm+tendance,sdlog=Zse)
> Ysup9=qlnorm(.9,meanlog=Zm+tendance,sdlog=Zse)
> Yinf1=qlnorm(.1,meanlog=Zm+tendance,sdlog=Zse)
> polygon(c(n+(1:24),rev(n+(1:24))),
+ c(Ysup975,rev(Yinf025)),col="orange",border=NA)
> polygon(c(n+(1:24),rev(n+(1:24))),
+ c(Ysup9,rev(Yinf1)),col="yellow",border=NA)

More climate extremes, or simply global warming ?

In the paper on the heat wave in Paris (mentioned here) I discussed changes in the distribution of temperature (and autocorrelation of the time series).

During the workshop on Statistical Methods for Meteorology and Climate Change today (here) I observed that it was still an important question: is climate change affecting only averages, or does it have an impact on extremes ? And since I’ve seen nice slides to illustrate that question, I decided to play again with my dataset to see what could be said about temperature in Paris.
Recall that data can be downloaded here (daily temperature of the XXth century).

tmaxparis=read.table("/temperature/TX_SOUID100124.txt",
skip=20,sep=",",header=TRUE)
Dmaxparis=as.Date(as.character(tmaxparis$DATE),"%Y%m%d")
Tmaxparis=as.numeric(tmaxparis$TX)/10
tminparis=read.table("/temperature/TN_SOUID100123.txt",
skip=20,sep=",",header=TRUE)
Dminparis=as.Date(as.character(tminparis$DATE),"%Y%m%d")
Tminparis=as.numeric(tminparis$TN)/10
Tminparis[Tminparis==-999.9]=NA
Tmaxparis[Tmaxparis==-999.9]=NA
annee=trunc(tminparis$DATE/10000)
MIN=tapply(Tminparis,annee,min)
plot(unique(annee),MIN,col="blue",ylim=c(-15,40),xlim=c(1900,2000))
abline(lm(MIN~unique(annee)),col="blue")
abline(lm(Tminparis~unique(Dminparis)),col="blue",lty=2)
annee=trunc(tmaxparis$DATE/10000)
MAX=tapply(Tmaxparis,annee,max)
points(unique(annee),MAX,col="red")
abline(lm(MAX~unique(annee)),col="red")
abline(lm(Tmaxparis~unique(Dmaxparis)),col="red",lty=2)

On the plot below, the dots in red are the annual maximum temperatures, while the dots in blue are the annual minimum temperature. The plain line is the regression line (based on the annual max/min), and the dotted lines represent the average maximum/minimum daily temperature (to illustrate the global tendency),

It is also possible to look at annual boxplot, and to focus either on minimas, or on maximas.

annee=trunc(tminparis$DATE/10000)
boxplot(Tminparis~as.factor(annee),ylim=c(-15,10),
xlab="Year",ylab="Temperature",col="blue")
x=boxplot(Tminparis~as.factor(annee),plot=FALSE)
xx=1:length(unique(annee))
points(xx,x$stats[1,],pch=19,col="blue")
abline(lm(x$stats[1,]~xx),col="blue")
annee=trunc(tmaxparis$DATE/10000)
boxplot(Tmaxparis~as.factor(annee),ylim=c(15,40),
xlab="Year",ylab="Temperature",col="red")
x=boxplot(Tmaxparis~as.factor(annee),plot=FALSE)
xx=1:length(unique(annee))
points(xx,x$stats[5,],pch=19,col="red")
abline(lm(x$stats[5,]~xx),col="red")

Plain dots are average temperature below the 5% quantile for minima, or over the 95% quantile for maxima (again with the regression line),

We can observe an increasing trend on the minimas, but not on the maximas !
Finally, an alternative is to remember that we focus on annual maximas and minimas. Thus, Fisher and Tippett theory (mentioned here) can be used. Here, we fit a GEV distribution on a blog of 10 consecutive years. Recall that the GEV distribution is

http://freakonometrics.blog.free.fr/public/perso/gev1.png
install.packages("evir")
library(evir)
Pmin=Dmin=Pmax=Dmax=matrix(NA,10,3)
for(s in 1:10){
X=MIN[1:10+(s-1)*10]
FIT=gev(-X)
Pmin[s,]=FIT$par.ests
Dmin[s,]=FIT$par.ses
X=MAX[1:10+(s-1)*10]
FIT=gev(X)
Pmax[s,]=FIT$par.ests
Dmax[s,]=FIT$par.ses
}

The location parameter http://freakonometrics.blog.free.fr/public/perso/gev4.png is the following, with on the left the minimas and on the right the maximas,

while the scale parameter http://freakonometrics.blog.free.fr/public/perso/gev3.png is

and finally the shape parameter http://freakonometrics.blog.free.fr/public/perso/gev2.png is

On those graphs, it is very difficult to say anything regarding changes in temperature extremes… And I guess this is a reason why there is still active research on that area…