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Visualising a Classification in High Dimension

So far, when discussing classification, we’ve been playing on my toy-dataset (actually, I should no claim it’s mine, it is inspired by the one used in the introduction of Boosting, by Robert Schapire and Yoav Freund). But in ral life, there are more observations, and more explanatory variables.With more than two explanatory variables, it starts to be more complicated to visualise. For instance, consider

MYOCARDE=read.table(
"http://freakonometrics.free.fr/saporta.csv",
head=TRUE,sep=";")

where we have observations from people in E.R., for infarctus, and we want to understand who did survive, to get a predictive model. But before running some classifier, let us visualise our data. Since we have seven explanatory variables and our class (survival or death), we can go for a PCA.

library(FactoMineR) # ACP (sur les var continues)
X=MYOCARDE[,1:7]
acp=PCA(X)

To add the death/survival variable, treat it as numerical 0/1 variable (at least to get a direction)

MYOCARDE2=MYOCARDE
MYOCARDE2$PRONO=(MYOCARDE2$PRONO=="SURVIE")*1
acp=PCA(MYOCARDE2,quanti.sup=8,graph=TRUE)

The nice thing is that we see here where variables are colinear with that one. It is also possible to visualise individuals, and classes, too

acp=PCA(MYOCARDE,quali.sup=8,graph=TRUE)
plot(acp, habillage = 8,col.hab=c("red","blue"))

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Les Arbres de Classification

J’animerai une formation lundi 28 de 14:00 à 16:00 au local N-6320 de l’UQAM sur le thème introduction aux arbres de classification. Cette formation est organisée dans le cadre des séminaires en méthodes d’analyses quantitatives et qualitatives qui se tiennent régulièrement depuis un peu plus d’un mois. animé par le collectif pour le développement et les applications en mesure et évaluation (Cdame). Les slides sont disponibles en pdf (il y a quelques animations, qui ne passent qu’avec Acrobat)

La base utilisée tout au long des exposés est la suivante
> MYOCARDE=read.table("http://freakonometrics.free.fr/saporta.csv",head=TRUE,sep=";")

Introduction aux arbres de classification

Dans quelques semaines, je ferais une introduction aux arbres de classification dans le cadre d’un séminaire de deux heures organisé par le collectif pour le développement et les applications en mesure et évaluation (Cdame). Je mettrais du matériel en ligne très bientôt. Je ne peux m’empêcher de mentionner les autres séminaires des semaines à venir, car le thème de cette session sera très statistique,

  • Lundi 10 mars de 14:00 à 16:00: Karim Oualkacha (UQAM), Introduction aux modèles linéaires généralisés et leurs applications [Résumé]
  • Lundi 17 mars de 14:00 à 16:00: André Achim (UQAM), La détermination du nombre de dimensions en analyse factorielle exploratoire: bien mieux que l’analyse parallèle [Résumé]
  • Lundi 7 avril de 14:00 à 16:00: Gérald Boutin (UQAM), Les entretiens de recherche qualitatifs : des savoirs théoriques à la pratique [Résumé]
  • Lundi 14 avril de 14:00 à 16:00: Jean-François Angers (Université de Montréal), Bayes 101. [Résumé]
  • Lundi 28 avril de 14:00 à 16:00: Arthur Charpentier (UQAM), Les arbres de classification. [Résumé]